2018年4月，北京理工大学与重庆市探讨共建研究院。

2019年4月，北京理工大学与两江新区管理委员会签约共建北京理工大学重庆创新中心。

2019年4月，北京理工大学重庆创新中心获批重庆市新型高端研发机构。

2019年9月，北京理工大学重庆创新中心召开第一届理事会成立大会暨第一次理事会议。

2020年5月，北京理工大学重庆创新中心过渡科研办公场地投入使用。

2020年10月，北京理工大学重庆创新中心科研院区开工建设。

2021年4月，北京理工大学重庆创新中心成立党支部。

2022年3月，北京理工大学重庆创新中心变更为校设独立建制二级单位。

2022年11月，北京理工大学重庆创新中心正式入驻科研院区。

2023年6月，北京理工大学重庆创新中心党支部获批升格为党总支。